No todas las facciones están alineadas con el Imperio, la Federación o la Alianza. Hay infidad de facciones menores que no se encuadran en ninguna de ellas y alguna de ellas incluso es suficientemente grande como para ser potencia de powerplay.

Las principales facciones independientes son:

• Sirus Corporation una megacorporación nacida en el 2350 y que hizo gran fortuna fabricando naves. Actualmente está dirigida por Li Yong-Rui.
• Kumo Crew la organización criminal más temida de la Vía Láctea. Está comandada por el rey pirata Archon Delaine
• Utopian Commune organización casi religiosa dedicada a la búsqueda del saber y el avance a través de la tecnología. Su líder es Pranav Antal.
• EG Pilots facción de creada por jugadores y que alcanzaría el estatus de facción de PowerPlay tras los Juegos Peligrosos de 3302. Su líder es Yuri Grom.